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科学家表示,美国农业部分享的 H5N1 流感数据太少且速度太慢

科学家表示,美国农业部分享的 H5N1 流感数据太少且速度太慢



美国有线电视新闻网

当美国农业部周日晚间宣布已公开发布牲畜禽流感疫情调查的新数据时,科学家们急切地搜索了一个全球使用的共享病毒基因序列的知名平台。

序列不存在。 截至周二早上,情况并非如此。

寻求追踪 H5N1 病毒进化和传播的研究人员表示,发布的信息(美国服务器上的原始数据)不是很有用,而且一点也不透明。 他们还表示,政府发布有关疫情的信息的速度极其缓慢,大约一个月前,该疫情在牛身上得到了证实。

周日宣布后 美国农业部免疫学家和疫苗研究员里克·布莱特 (Rick Bright) 博士于 2016 年至 2020 年领导生物医学高级研究与开发局,他表示,他立即联系了数据库中的联系人,该数据库名为全球流感数据共享倡议 (GISAID),以便他肯定没有错过什么。

“我说:看,告诉我:你有数据吗?” “他们拒绝了,”布莱特说。

负责 GISAID 监管的巴西数据科学家 Lucas Freitas 博士甚至在检查了数据库中人们可以在全面公开发布之前发布序列草稿的部分内容后,确认美国农业部自宣布以来没有发布任何新序列。

GISAID 创始人兼总裁 Peter Bogner 表示:“我们不会错过这个机会。” “H5 是 GISAID 诞生的初衷。它竖起了天线。”

高致病性 H5N1 禽流感毒株已导致全球鸟类数量锐减,并且近年来已传播到越来越多的哺乳动物,引发人们的担忧,即它距离成为能够在人类之间有效传播的病毒又近了一步。

3 月 25 日,当美国农业部确认在德克萨斯州和堪萨斯州的奶牛中发现 H5N1 病毒时,这一消息让传染病专家保持警惕,他们渴望获得更多信息,以了解该病毒如何改变以针对新宿主。 美国农业部动植物卫生检验局 (APHIS), 据称,目前已在 8 个州的 32 个牛群中发现了 H5N1 病毒。

但几周过去了,全球科学界几乎没有分享有关美国疫情的数据。

在里面 注意 APHIS 周日发布消息称,它已经分享了 H5N1 疫情爆发的 239 个基因序列,“来自牛、猫、鸡、臭鼬、浣熊、浣熊、黑鸟和鹅”。

该机构表示,它“定期在 GISAID 网站上发布”,但为了公共透明度和“确保科学界尽快获得这些信息……”,它“也在迅速共享”该机构维护的美国数据库。 国家医学图书馆。

该公告向许多科学家暗示,这些信息可以在 GISAID 中找到,该数据库已存在 这对于追踪导致 COVID-19 的病毒在世界范围内传播的过程至关重要。 包括美国在内的许多国家都使用 GISAID 来快速共享基因序列——构成每种病毒蓝图的四种化学构件的精确排列。

相反,美国农业部已将原始序列数据(称为 FASTQ 文件)上传到国家医学图书馆数据库,该数据库可供公众使用。 然而,这些 FASTQ 文件缺乏帮助科学家追踪病毒进化所需的重要信息,例如收集样本的确切日期及其来自的状态。

科学家在追踪病毒的进化时使用原始数据,但他们通常也会将其与通常发布到 GISAID 的信息类型配合使用:共识序列,称为 FASTA 文件,已被编辑并从污染和病毒中删除。 错误。 共识序列通常提供有关样本采集地点和时间的更多信息,这有助于研究人员更好地了解病毒如何随时间变化。

研究人员表示,目前尚不清楚构成初始数据基础的样本是何时采集的。 唯一公布的日期为“2024 年”,地点仅列为“美国”。 目前还没有关于如何获取样本的信息——它们是否来自动物呼吸道拭子。 皮肤或其他地方。

在回答 CNN 通过电子邮件提出的问题时,美国农业部公共事务专家 Shilo Weir 表示,该机构将原始数据发布到美国服务器以提高速度,并表示该机构将迅速开展工作,将格式化序列提供给 GISAID。

“APHIS 通常会在 GISAID 平台上发布精选的序列数据,“但是,为了尽快公开序列数据,APHIS 已将这些未分析的序列数据文件上传到 NCBI,”Weir 在电子邮件回复中写道。

“这些序列不会在发布前进行整理,但这种方法将使我们能够以最快的方式发布序列信息。APHIS 将继续尽快向 GISAID 发布格式化文件,其中包括并分析相关的流行病学信息和序列。数据,”韦尔说。

目前还不清楚最新发布的数据是否代表了该机构现有的所有基因组。

亚利桑那大学生态学和进化生物学教授迈克尔·沃罗比博士表示,美国农业部没有尽快分享其掌握的所有信息,这是一个错误。

“世界各地都有像我和我的同事这样的人,他们在这方面拥有丰富的经验,他们经常可以看到一些东西或进行分析,这些东西可能会显示出其他人没有注意到的东西,”沃罗比说。

“你基本上不希望一个小组成为唯一查看数据的小组,我们希望世界各地的每个人、所有专家都能够做到这一点,”沃罗比补充道。

彭博公共卫生学院约翰·霍普金斯健康安全中心主任汤姆·英格尔斯比博士表示,美国农业部公开发布初步数据是朝着正确方向迈出的一步,但还不够。

“额外的信息对于公众、科学家、公共卫生机构和研究组织来说非常有用,可以帮助他们了解迄今为止收集到的所有数据、哪些农场已经过测试、何时进行测试、总体采样策略是什么是,现在全国各地正在进行什么类型的测试?

“既然我们知道有无症状的奶牛检测结果呈阳性,那么了解无症状奶牛感染其他牛群的程度的策略是什么?因为我认为这里最重要的目标是全面了解疫情的情况。 ”

流感病毒变化迅速,并造成了历史上一些最具破坏性的流行病。

“我们现在看到的是第一章 “这本书让像我这样的人以及许多其他传染病流行病学家和科学家彻夜难眠,”远程医疗公司 eMed 的首席科学官、流行病学、免疫学和传染病传播方面的专家迈克尔·米纳 (Michael Mina) 博士说。

新冠病毒大流行很严重,但米娜表示,这种病毒引起的大流行可能会更糟。

米娜说:“魔鬼还没有从瓶子里出来,这是一件好事,”但考虑到允许病毒不受控制地传播的潜在后果,“很难说我们现在可以做很多事情。” ”

近二十年来,科学家一直在追踪 H5N1 病毒在野生和家养鸟类中的传播情况 最近的海洋哺乳动物 与海狮一样,但与动物接触后人际传播是间歇性且不持续的,这表明该病毒尚未突变到足以完全对人类致病。 已经过去了 没有证据 据美国疾病控制与预防中心称,目前美国爆发的疫情存在人传人现象。

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然而,人类在与动物接触后被感染,这令人不寒而栗地提醒我们,该病毒继续困扰着我们,需要密切监测。

“对于美国政府来说,现在尽可能透明、超透明并分享所有这些序列和所有这些数据非常重要,以便世界可以查看它并进行自己的风险评估和华盛顿 Bright Global Health 首席执行官 Bright 表示:“如果他们的国家需要疫苗,他们就需要疫苗,而不是等待美国说什么好、什么坏。” ,华盛顿特区

“如果这种特殊病毒失控,我们会说什么?” 布莱特说道。 当我们回顾过去的两三个月时,我们是否会说:我希望我们当时做了一些其他的事情; 我希望我们更加透明。 我希望我们分享所有这些序列,以便世界能够为此做好准备?

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